“เจดีย์ภูเขาทอง” เกิดขึ้นจากพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 ซึ่งหลังจากที่ท่านทรงสร้างพระปรางค์วัดอรุณฯ ในฝั่งธนบุรีเสร็จลง ก็มีดำริให้สร้างพระปรางค์ขึ้นที่วัดสระเกศ โดยตั้งพระทัยว่าจะสร้างให้สูงใหญ่ยิ่งกว่าพระปรางค์วัดอรุณราชวราราม

วิธีสร้างพระปรางค์วัดสระเกศก็คือ ต้องขุดดินลงไปจนลึก เอาท่อนซุงปูเรียงขัดกันไว้ก้นหลุม แล้วเอาอิฐ กรวด เศษกระเบื้องต่างๆ ใส่อัดเข้าไปไม่ให้เหลือช่องว่าง จากนั้นจึงขนดินมาถมให้สูงแล้วก่อเป็นฐานพระปรางค์ แต่หลังจากที่สร้างไม่ทันแล้วเสร็จ ยอดพระปรางค์ก็หักโค่นลงมาเสียก่อน จากนั้นก็ไม่ได้มีการก่อสร้างอะไรต่ออีก ดังนั้นเมื่อกองดินซึ่งเป็นฐานพระปรางค์ถูกทิ้งร้าง ก็มีพวกวัชพืชไม้เลื้อย รวมทั้งต้นไม้ต่างๆ ขึ้นเต็มจนดูเหมือนภูเขาจริงๆ

ส่วน “เจดีย์ภูเขาทอง” นั้นสร้างเสร็จสมบูรณ์ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 แล้วพระราชทานนามว่า “สุวรรณบรรพต” สูง 77 เมตร บนยอดสุวรรณบรรพตเป็นที่ตั้งของพระเจดีย์บรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ซึ่งขุดค้นพบที่เมืองกบิลพัสดุ์ และพิสูจน์ได้ว่าเป็นของพระสมณโคดม ซึ่งเป็นส่วนแบ่งของพระราชวงศ์ศากยราชเพราะมีคำจารึกอยู่

'พระองค์เจ้าปฤษฏางค์' ขณะนั้นกำลังทรงผนวชอยู่ที่ประเทศอินเดีย จึงเสนอให้รัฐบาลอินเดียโดย มาเควส เดอลัน อุปราชอังกฤษประจำประเทศอินเดีย ส่งพระบรมสารีริกธาตุเข้ามาถวายในฐานะที่พระมหากษัตริย์ไทยทรงเป็นกษัตริย์เพียงพระองค์เดียวที่เป็นพุทธมามกะอยู่ในขณะนั้น พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 จึงทรงนำพระบรมสารีริกธาตุนั้นมาบรรจุไว้ที่เจดีย์ภูเขาทองแห่งนี้ และจัดให้มีงานสมโภช 7 วัน 7 คืน จนกลายเป็นประเพณีปฏิบัติสืบต่อกันมา และกลายเป็นงานวัดที่เก่าแก่ที่สุดงานหนึ่งอีกด้วย

ส่วนที่เรียกว่า “ภูเขาทอง” ก็เพราะในกรุงเก่าหรือกรุงศรีอยุธยา ก็มีคลองที่ชื่อว่าคลองมหานาค และใกล้ๆ คลองก็มีเจดีย์ที่ชื่อว่าเจดีย์ภูเขาทองอยู่เช่นกัน เหมาะเจาะกับชื่อคลองที่รัชกาลที่ 1 โปรดให้ขุดไว้ข้างวัดสระเกศ ก็มีชื่อว่าคลองมหานาคเช่นกัน ดังนั้นภูเขาดินข้างๆ คลองนี้ที่สร้างเจดีย์ขึ้นมาก็ควรเรียกว่า “ภูเขาทอง” ให้เหมือนกัน